Quando você usa cp sem argumentos, o padrão é copiar os arquivos conforme abaixo
cp sourcefile destinationLocation
#will copy sourcefile to the specified destinationLocation
Mas se você quiser copiar um diretório, você precisa especificar o argumento recursivo como este
cp -R dir1 dir2 #copies dir1 to dir2
cp -R dir dir2 dir3 #copies dir1 & dir2 to dir3
Idealmente, você pode especificar quantos arquivos desejar para um único destino, todos separados por espaços. Isso aqui, no entanto, copia um diretório junto com suas permissões
sudo cp -rp /home/me /media/backup/me
-p same as --preserve=mode,ownership,timestamps
Como alternativa, você pode usar o rsync
sudo rsync -a /home/me/ /media/backup/me/
-a, --archive
Note that -a does not preserve hardlinks, because finding multiply-linked
files is expensive. You must separately specify -H.
E, por favor, não esqueça as barras ao copiar usando o rsync. Veja a man page de cada comando nas opções de usá-los disponíveis no seu terminal digitando man cp ou man rsync