O método apropriado para remover um ppa e usar a versão do programa dos repositórios oficiais do ubuntu é usar ppa-purge.
Primeiro, você precisa instalar o ppa-purge:
sudo apt-get install ppa-purge
então, você purga o ppa que você instalou anteriormente. (no seu caso vlc-daily)
sudo ppa-purge ppa:videolan/master-daily
Isso reduz a versão vlc da versão diária do ppa para a versão estável no repo do universo ubuntu.