Isso significa que apt e apt-get têm funcionalidade semelhante, a diferença é que apt deve ser usado de forma interativa, enquanto apt-get deve ser usado em scripts.
O comportamento, o efeito e a saída de apt-get são mantidos inalterados (é o que significa "compatível com versões anteriores"), para que os scripts possam confiar neles. apt é mais livre para mudar com os tempos e pode não funcionar como esperado se você executar o mesmo script em algum momento no futuro.
Claro, nada está impedindo você de usar apt-get interativamente. Eu faço. Talvez apt seja mais fácil de usar interativamente, mas dois comandos são mais difíceis de aprender do que um comando.
Veja também " Qual é a diferença? entre apt e apt-get ".