Isto é o que as páginas de manual são para
ls:
link
-r, --reverse ordem inversa durante a classificação
-R, --recursivo lista subdiretórios recursivamente
rm:
link
-r, -R, --recursivo remova diretórios e seus conteúdos de forma recursiva
Portanto, com o comando rm, -r e -R são os mesmos, mas não são assim com ls