Se você está pensando em atualizar seu Ubuntu para o 11.10 em breve, então você pode fazer isso agora - o Oneiric tem o Eclipse 3.7 (não 3.6 embora - supostamente melhor, hein?) e o Tomcat 7 em repositórios. Então você poderá instalar tudo com
sudo apt-get install eclipse tomcat7
Como alternativa, o download de qualquer versão do eclipse de seu site e sua execução diretamente do tarball descompactado funciona muito bem - qual foi exatamente o problema que você passou 2 dias?