Você pode usar uma instalação básica do Ubuntu (a partir do CD alternativo) e, em seguida, instalar os aplicativos necessários para compor o sistema.
Você também pode remover alguns dos pacotes desnecessários (documentação, etc) da instalação padrão que você não deseja. Eu não consegui chegar abaixo de 700MB antes, mas cheguei perto (eu tive que instalar alguns outros aplicativos naquela situação, infelizmente).
De qualquer forma, você produzirá uma iso segura desde que não remova o sistema base (o Ubuntu - as dependências do mínimo devem ser um bom guia).