Fazer backup do arquivo .vdi (imagem de disco virtual) regularmente tem algumas desvantagens importantes.
Primeiro: o Backup torna-se muito grande, porque você não pode fazer backups diferenciais, ou seja, quando algo mínimo é alterado na imagem do disco (já que é o disco rígido virtual que muda o tempo todo) você não pode tirar proveito de salvar apenas os arquivos que foram alterados porque é apenas um arquivo. Você terá que fazer backup de toda a imagem.
Segundo: quando a máquina está rodando, enquanto você faz o backup, você tem uma grande chance de obter um backup inconsistente, porque o programa de backup precisa de algum tempo para percorrer a grande imagem. Então você precisaria desligar o vm.
O que você pode fazer é usar o recurso de instantâneo das VMs. Então você teria apenas que fazer backup dos instantâneos, que são muito menores que a imagem de disco virtual e estática. Ou você pode permitir que a VM compartilhe uma pasta em seu hardware real, como explicado aqui ou, melhor ainda, use um servidor de arquivos separado como por exemplo samba, se você tiver os recursos, e simplesmente use o backup do lado do convidado para aquela pasta com qualquer programa de backup que você goste, ou o backup embutido, que vem com o guest-os. O último seria o meu favorito, porque então você pode usar todos os recursos, que um sistema de backup embutido vem com.