Você pode usar o CompizConfig para fazer isso.
sudo apt-get install compizconfig-settings-manager
em um terminal para instalar e digite "CompizConfig" no seu Dash para encontrá-lo, ou ccsm
no terminal.
Uma vez aberto, vá até a opção "Ubuntu Unity Plugin" e clique nele.
Na guia Geral, você verá algumas opções relacionadas a atalhos de teclado. Encontre "Chave para executar um comando" (segunda opção abaixo) e clique no atalho ("< Alt > F2" por padrão). Desmarque a caixa na janela pop-up que diz "Ativado" e clique em OK. A partir de então, o atalho alt-f2 para abrir a janela de comando será desativado.
Espero que isso ajude!