Verifique o arquivo de configuração do kernel, especificamente o valor do parâmetro CONFIG_NF_CONNTRACK .
No meu sistema, o subsistema NF (NetFilter) vem com conntrack module, aqui:
% grep '^CONFIG_NF_CONNTRACK=' /boot/config-"$(uname -r)"
CONFIG_NF_CONNTRACK=m
Verifique a saída no seu caso, se você vir m como o valor do parâmetro, então conntrack vem como um módulo carregável, enquanto y indica que ele está embutido no kernel e n indica ausência .