R e instalação do RStudio e erro de pacote

Question

Depois de instalar o R e o RStudio no Ubuntu 16.04 com o seguinte código:

sudo apt-get update
sudo apt-get install r-base
sudo apt-get install r-base-dev

e

sudo apt-get install gdebi-core
wget https://download1.rstudio.org/rstudio-1.0.143-amd64.deb
sudo gdebi rstudio-1.0.143-amd64.deb

Estou tentando instalar pacotes e estou recebendo erros no console R como

install.packages("fGarch")
Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning in install.packages :
  'lib = "/usr/local/lib/R/site-library"' is not writable

Como sou novo no Linux, não sei em que diretório instalo os pacotes R. Não tenho certeza se esse é o problema ou se cometi algum erro na instalação. Alguém pode me ajudar com essa questão? Agradecemos antecipadamente.

    

Answer 1

Eu não sei porque o R 3.4.1 muda o caminho da biblioteca. Para alterá-lo de volta, basta editar /etc/R/Renviron :

$ sudo gedit /etc/R/Renviron

Comentário R_LIBS_SITE=... , depois descomente R_LIBS_USER=...

# edd Jun 2017  Comment-out R_LIBS_USER
R_LIBS_USER=${R_LIBS_USER-'~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4'}

# edd Apr 2003  Allow local install in /usr/local, also add a directory for
#               Debian packaged CRAN packages, and finally the default dir 
# edd Jul 2007  Now use R_LIBS_SITE, not R_LIBS
#R_LIBS_SITE=${R_LIBS_SITE-'/usr/local/lib/R/site-library:/usr/lib/R/site-library:/usr/lib/R/library'}  

    

Answer 2

Esta resposta é sobre a instalação de pacotes R adicionais no R e RStudio. Se você está procurando como instalar o R e o RStudio, veja Instalando o RStudio - isso é muito diferente de outros pacotes?

Duas maneiras de instalar pacotes R

Eu não recomendo o RStudio ou R com sudo privileges. Executar um único comando R com sudo como sudo R INSTALL fGarch deve ficar bem. Os dois métodos descritos abaixo são outras alternativas.

1. Pacote R como software Ubuntu

Ao usar o R, você precisará instalar outros pacotes. Às vezes, eles estão disponíveis nos repositórios. Digamos que o pacote r você queira fGarch , então o pacote nos repositórios é chamado de r-cran-fGarch . Abra um terminal pressionando Ctrl + Alt + T e digite:

sudo apt install r-cran-fGarch

Instalar pacotes R dessa maneira tem dois benefícios:

1. Ele manterá fGarch atualizado. Sempre que fGarch for atualizado no repositório R-Cran, ele será atualizado em seu computador juntamente com o processo de atualização do sistema.
2. Todos os usuários deste computador poderão usar o pacote fGarch no R e RStudio.

No entanto, nem todo pacote R possui uma instalação pré-compilada correspondente deb package no repositório Cran. fGarch apenas acontece com um deles. Então, o método acima não funciona para este pacote.

2. Pacote R de dentro do RStudio

Pacotes R como fGarch podem ser facilmente instalados e atualizados de dentro do RStudio. Se fizer isso, você verá a mensagem de erro e descobrirá que o RStudio coloca os novos arquivos (incluindo atualizações) em seu diretório home /home/<user>/R/site-library/ . Isso é bom se você for o único usuário deste computador que usa R e RStudio. O "aviso" que você vê não impede que você use o pacote fGarch . No entanto, outros usuários deste computador não terão acesso a ele.

Uma maneira de resolver este problema e permitir que o RStudio instale todos os futuros pacotes adicionais em seu devido lugar é adicionar-se ao grupo staff . Abra um terminal pressionando Ctrl + Alt + T e digite:

sudo adduser <user> staff

Substitua <user> pelo seu nome de usuário.

Depois disso, você terá a opção de instalar ou atualizar os pacotes /usr/local/lib/R/site-library/ ou /home/<user>/R/site-library/ . Então você poderá escolher o primeiro como o local de instalação padrão.

Fonte: link

Espero que isso ajude

    

Answer 3

Se você quiser instalar o pacote complementar R para todos os usuários para /usr/local/lib , será necessário conceder privilégios de superusuário R para criar arquivos lá. Para instalar R add-on packages como super-user run:

sudo R CMD INSTALL <PACKAGES…>

onde você substitui <PACKAGES…> pelos nomes de qualquer pacote complementar de números a ser instalado.

Se você quiser instalar um pacote apenas para você , não precisará conceder privilégios de superusuário R, mas precisará especificar um destino de instalação. Uma maneira conveniente de fazer isso é com uma variável de ambiente:

export R_LIBS_USER=<PATH>

onde você substitui <PATH> pelo caminho para um diretório para seus pacotes R específicos do usuário. Eu recomendo ~/.local/lib/R/site-library . Agora você pode instalar os pacotes:

R CMD INSTALL <PACKAGES…>

Você precisará garantir que esta variável de ambiente esteja definida antes de iniciar o R ou não encontre os pacotes instalados naquele local. A melhor opção seria anexar o comando export acima ao arquivo ~/.profile . Consulte Variáveis de ambiente para saber mais.

    

Answer 4

Tente abrir o R através do terminal em sudo . Isso exigirá que você digite sua senha e permitirá que você conceda permissões para gravar arquivos em seu sistema. Imagem

Editar: veja a imagem para maior clareza