Eu não sei sobre eficiência, mas sed com uma expressão regular. Faça um backup do arquivo no caso de você cometer um erro de digitação, mas talvez algo assim:
sed -i 's/"\([0-9]\+\)_\([0-9]\+\)"//' bigcsvfile.csv
Edit: removeu o g, como kos apontou, nenhum g é necessário.