Estou usando o Xmonad com o Unity no Ubuntu 12.04 e está funcionando bem. Eu não uso o painel de inicialização - eu o escondo no espaço de trabalho 9 - mas eu uso o painel superior. Eu acredito que você pode usar o lançador se você quiser.
Lembre-se de que o Xmonad não oferece suporte à renderização 3D - por isso, você precisará usar a versão 2D do Unity no Ubuntu 12.04, que é diferente da versão 3D em alguns aspectos.
Siga as instruções aqui: link
Eu recomendo configurar o Nautilus para desabilitar os ícones da área de trabalho. Caso contrário, você obterá artefatos de renderização horríveis se estiver usando várias telas: link
O procedimento será diferente no Ubuntu 12.10, pois o Unity 2D é não mais disponível nessa versão. No entanto, a versão 3D do Unity tem suporte de fallback para gerenciadores de janelas 2D em 12.10; para que você possa ter uma experiência mais próxima da versão 3D regular.
Caso você esteja interessado, minha configuração do Xmonad está aqui: link
Atualização 2012-12-02: Eu atualizei para o Ubuntu 12.10 e não consegui fazer com que o Xmonad funcionasse com a nova versão do Unity, afinal. Acontece que o Unity 2D foi projetado de forma diferente, pois implementou o painel como um componente separado que poderia ser usado com qualquer gerenciador de janelas. Embora a nova versão do Unity tenha um modo de fallback para máquinas que não suportam aceleração gráfica, ela não possui o mesmo design modular.
Eu mudei para rodar o Xmonad com o Gnome Classic. Eu já estou sentindo falta da barra de menu integrada que o Unity forneceu: (