Estou com o mesmo problema no meu sistema.
Recentemente instalei o Ubuntu 13.04 do zero, sem inicialização dupla, sem atualização da versão anterior.
Placa de vídeo AMD, ATI Radeon HD 5700 - usando Catalyst Drivers da ATI v 12.9
Vários monitores, 2 telas de 1080p, uma de 1280x1024
para contornar o problema quando há novas atualizações que ele procura automaticamente, clico com o botão direito no ícone na barra de tarefas, fecho o software e, em seguida, inicio novamente a partir do menu de unidade manualmente e a janela será exibida. .. então não é uma dor tão grande que há uma solução alternativa ...
mas eu tenho outra máquina Ubuntu 13.04 bem ao meu lado e essa mostra essa janela .... (esse sistema também foi recentemente instalado 13.04, mas um único monitor, AMD Radeon HD 7500, Catalyst 12.9).
Eu também notei no sistema que não está mostrando a janela, não importa em qual área de trabalho virtual eu esteja, clicar no ícone não alterna os desktops para onde a janela estaria localizada, então imagino que isso significa a janela nem sequer existe (se foi talvez fora das coordenadas do meu ecrã ...). Outras janelas que estão presentes em outras áreas de trabalho virtuais fazem o que eu espero ao clicar em seu ícone - elas alternam a área de trabalho virtual para aquela com a janela ativa ....
Que outras informações podem ser pertinentes para esta questão?
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