O rsync pode ser usado localmente para copiar / atualizar arquivos. Como exemplo:
rsync --progress -a sourcedir/ destdir/
Se você ainda não tem,
sudo apt-get install rsync
Há um grande número de outras coisas que o rsync faz, veja a página man para detalhes e / usr / share / doc / rsync / para exemplos.
ETA: Seguindo o "PS" da pergunta, se você precisar de uma sincronização ainda mais sofisticada, tente:
sudo apt-get install unison unison-gtk
Execute o unison-gtk e configure um perfil. Toda vez que você executar a sincronização a partir desse perfil, será perguntado o que fazer quando houver uma colisão / conflito entre os dois diretórios no perfil. Para cada conflito, você poderá escolher interativamente a ação correta (sync aa ou skip) para cada arquivo.