Algumas sugestões, primeiro tente usar a conclusão de tabulação
cd /var/www
rm -rf ./. Separador Separador
Ou use o find
cd /var/www
find -maxdepth 1 -type d -exec rm -ri '{}' \;
Se isso falhar, tente executar o fsck (de um live CD).
Poste qualquer mensagem de erro ou comportamento estranho que você obtiver