Você já tentou xkill
? Execute isso a partir de um terminal ou de uma janela de execução, clique na janela e deverá eliminá-la.
Se for um problema comum, talvez valha a pena fazer um iniciador de área de trabalho para que você possa executar xkill
com um clique duplo. Você pode fazer isso da maneira normal ou simplesmente jogar isso em um terminal:
echo "[Desktop Entry]
Encoding=UTF-8
Version=1.0
Type=Application
Terminal=true
Icon=gnome-panel-launcher
Exec=xkill
Name=xkill" > ~/Desktop/xkill.desktop