Do Ubuntu 9.10, o comportamento do mixer do GNOME mudou, tornando inconsistente a mixagem de som feita pelo Pulse Audio. Dependendo da versão de distribuição que você executa, você também pode sofrer com isso. De acordo com o bug # 322909 # 30 , pode ajudar ignorar Configurações de volume do PCM em vez de mesclá-las, editando /usr/share/pulseaudio/alsa-mixer/paths/analog-output.conf.common
como root e alterando a entrada
[Element PCM]
volume = merge
para
[Element PCM]
volume = ignore
Depois disso, uma reinicialização do sistema é necessária para que as alterações entrem em vigor.
Pode haver outras opções neste arquivo (que controla o ALSA / Pulseaudio) que você pode testar se o acima não ajudar. Existem algumas notas explicativas sobre possíveis configurações.
Não se esqueça de fazer backup do arquivo original antes de aplicar as alterações.