Sim. Executar:
ntfsfix /dev/sdxx
Este comando vem de ntfsprogs .
Será avisado (da página man):
O ntfsfix é um utilitário que corrige alguns problemas comuns do NTFS. O ntfsfix NÃO é uma versão do Linux do chkdsk . Ele repara apenas algumas inconsistências fundamentais do NTFS, redefine o arquivo de diário do NTFS e agenda uma verificação de consistência do NTFS para a primeira inicialização no Windows.
(ênfase minha)