Se você estiver executando o nautilus como root, verá a pasta Desktop do root. Seu é provavelmente em /home/yourname/Desktop (e o resto de seus arquivos provavelmente estão em outro lugar em /home/yourname/ )
Você pode usar links simbólicos para torná-los disponíveis, mas operar na raiz geralmente não é uma boa ideia. É melhor usar sudo para executar comandos como root enquanto estiver logado como usuário comum antigo.
No nautilus, você pode usar go > location ... ou ctrl-l para visualizar e alterar o caminho completo para o diretório em que está. Então, faça ctrl l e depois digite /home/yourname/Desktop para acessar os arquivos em seu próprio diretório da área de trabalho do usuário.