A maneira como os bits de permissão são interpretados diferem para arquivos e diretórios. Leia info coreutils 'File permissions' e man 2 chmod para detalhes. Por que alguém desejaria tornar tudo legível, gravável, executável para o proprietário, grupo e mundo?
Como a evidência se foi, só posso imaginar que, após o chmod , você perderia o acesso de gravação ao . , o diretório atual. Isso pode ser corrigido por:
chmod u+w $PWD
Em seguida, você pode alterar o modo (permissões) dos arquivos em $PWD
Ao fazer o chmod 644 * , você também removeu a permissão executar de qualquer um dos arquivos que o tinham, para que eles não sejam mais executáveis por qualquer proprietário, grupo, mundo.