Tente modificar seu arquivo .desktop . Procure o [Desktop Entry] do seu arquivo java e altere o valor Icon .
Fazer um "launcher" que irá executar seu script permitirá que você faça isso. Crie um arquivo chamado MyApp.desktop e edite-o com um editor de texto como gedit .
Em seguida, cole este código no arquivo, alterando os valores do seu programa -
[Desktop Entry]
Type=Application
Name=MyApp
Terminal=true
Exec=/usr/bin/MyApp.sh
Icon=/usr/share/icons/icon.icon
Para Exec= coloque o caminho e o nome do seu arquivo de script, para o ícone, coloque a localização e o nome do ícone desejado. Para Terminal= colocar verdadeiro ou falso se você quiser mostrar o terminal ou não.
Isto lhe dará um arquivo que você pode colocar em qualquer lugar, no lançador de unidade, ou na área de trabalho que você pode executar o script e ele terá o ícone que você deseja.