Eu apenas tentei o comando lsof novamente e recebi isto:
COMMAND PID USER FD TYPE DEVICE SIZE/OFF NODE NAME
ubuntuone 21086 david 49r REG 8,4 1790938 1473680 /tmp/tmpYemldG
ubuntuone 21086 david 50r REG 8,4 12903 1473668 /tmp/tmpzZZV7s
ubuntuone 21086 david 52r REG 8,4 21702 1473689 /tmp/tmpXrw6n8
ubuntuone 21086 david 53r REG 8,4 25645 1473683 /tmp/tmp5jFc1h
ubuntuone 21086 david 54r REG 8,4 275049 1473685 /tmp/tmphrw2g3
ubuntuone 21086 david 55r REG 8,4 501273 1473684 /tmp/tmpbu2ET8
ubuntuone 21086 david 56r REG 8,4 7027579 1473687 /tmp/tmpSY_QO8
ubuntuone 21086 david 57r REG 8,4 19404032 1473686 /tmp/tmpokUSil
ubuntuone 21086 david 58r REG 8,4 17277993 1473688 /tmp/tmpqjYsMG
ubuntuone 21086 david 59r REG 8,4 21198443 1473682 /tmp/tmp1QGY_A
Então parece que o Ubuntu One é o culpado. Por alguma razão, não parece se limpar depois de si. Eu 'resolvi' isso matando ubuntuone-syncdaemon e executando sudo rm -f /tmp/tmp*
.