A saída do seu programa está disponível no log do console. Você pode obtê-lo a partir do console aws ou chamando o GetConsoleOutput através da API (ou com uma ferramenta como euca-get-console-output ou ec2-get-console-output).
Além disso, você pode dizer ao cloud-init para registrar a saída desses comandos fornecendo dados do usuário que o informam.
#cloud-config
output: {all: '| tee -a /var/log/cloud-init-output.log'}
Você pode fornecer uma entrada com várias partes para fornecer "#!" scripts e cloud-config como mostrado acima. Consulte o link para ver um exemplo de como fazer isso.