O Windows pode ler e gravar em NTFS e FAT, com algum suporte para outros sistemas de arquivos, se você instalar o software apropriado. O Ubuntu, por outro lado, pode ler e escrever em ext2, ext3, ext4, NTFS e FAT.
Então, isso significa que o Windows e o Ubuntu prontos para uso só têm o NTFS e o FAT como sistemas de arquivos em comum. O FAT não é bom o suficiente para o Ubuntu, já que ele não mantém as permissões de arquivo, e é bastante antigo e limitado de qualquer forma. O NTFS também não é bom o suficiente para o Ubuntu. Apesar de suportar nomes de arquivos que diferenciam maiúsculas de minúsculas, ele não suporta permissões de arquivos semelhantes a UNIX. Isso exclui a instalação do Ubuntu em um sistema de arquivos NTFS (veja esta questão ).
Isso só deixa essas opções:
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Use a partição NTFS ou FAT dedicada ao Windows para manter os arquivos que você deseja compartilhar entre o Ubuntu e o Windows.
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Crie uma terceira partição formatada como NTFS sem sistema operacional, dedicada exclusivamente ao armazenamento dos arquivos que você deseja compartilhar entre o Ubuntu e o Windows.
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Instale algum software para permitir que o Windows leia o sistema de arquivos usado pela sua instalação do Ubuntu (como o ext4). Existem várias maneiras de fazer isso, e nenhuma delas é direta.