Super (a tecla 'Win') abre o Dash de desktops vazios no meu sistema (12.10) por padrão.
No entanto, posso reproduzir sua situação se eu usar a gnome-tweak-tool para definir Desktop > Faça com que o gerenciador de arquivos manipule o desktop para Off . Verifique esta configuração no seu sistema.
Você pode ter mudado algo que interage com isso enquanto usa o Gnome. Se já estiver definido para On , defina-o como Off e volte a On novamente para forçar uma atualização.