Bem, há a resposta óbvia, que as bibliotecas são muito diferentes e muitas vezes incompatíveis entre si, mas desde que o GNOME 3 usa as bibliotecas mais novas que é preferível. Neste ponto, considerando o trabalho que entrou no Gnome Classic para 12.04, eu diria que não, que não há muita diferença neste momento. Talvez alguns applets da barra de tarefas ainda não tenham sido portados, mas, além disso, não há muito sentido em usar o Gnome 2.
Artigo aqui do OMGUbuntu mostrando o modo Gnome Classic em 12.04