Não, o Windows e o Ubuntu são coisas completamente separadas, quer você instale ou execute uma sessão ao vivo. Você também pode instalar o Ubuntu sem remover o Windows e, nesse caso, você apenas escolherá entre o Windows e o Ubuntu na inicialização. Quando você executa o Ubuntu, é como se você não tivesse o Windows instalado e quando você executa o Windows, é como se você não tivesse o Ubuntu instalado. Na verdade, o Windows não é capaz de saber que você instalou o Ubuntu. Ele vai olhar para o Windows como se o harddisk har diminuísse de tamanho. O Ubuntu é capaz de ler os sistemas de arquivos do Windows, para que você possa acessar os arquivos do Windows no Ubuntu, mas não os arquivos do Ubuntu no Windows. Um benefício disso, é que mesmo que algo aconteça com a sua instalação do Windows que a torne inutilizável, por causa de malware, ou algo assim, o Ubuntu ainda funcionará tão bem quanto antes. Esse malware também não seria capaz de "infectar" o Ubuntu de qualquer forma.
Você também deve notar que não há nada no Ubuntu que exija permissão, registro ou algo assim - incluindo o aplicativo de escritório instalado; LibreOffice. Também é muito compatível com o MS Office. Se você instalar o Ubuntu, ele rodará muito mais rápido que a sessão ao vivo.