Eu acho que isso é porque o gconf-editor está sendo eliminado em favor do dconf-editor. Eu tive um problema semelhante (na verdade, o oposto, eu estava tentando desativar auto_raise e não iria funcionar). Parece que a configuração no gconf-editor é sobrescrita pela configuração no dconf-editor.
sudo apt-get update
sudo apt-get install dconf-tools
dconf-editor
Navegue até org/gnome/desktop/wm/preferences
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