Agora você expandiu um pouco o erro, acho que vejo o problema.
De relance, não parece claro se ele não está conseguindo ler o seu arquivo local (minecraft_server.jar) ou se não foi colocado no local remoto, mas acho que é o último.
Observe a mensagem:
Current directory is /
Você quase certamente não quer colocar o arquivo na raiz do sistema de arquivos. A menos que você tenha o FTP como root, você provavelmente não poderá escrever de qualquer maneira.
Sugiro que você mude para o diretório pessoal do usuário remoto:
cd /home/yourusername
Em seguida, tente colocar o arquivo lá.
Se você planeja fazer outra coisa além de iniciar o servidor Minecraft a partir da linha de comando, depois de colocar o arquivo jar nele, será necessário colocá-lo no caminho apropriado, que estará na documentação .