Isso porque os projetos de GUI Java como Swing ou AWT não suportam o Unity nativamente.
Mas você pode corrigi-lo facilmente usando o projeto java-swing-ayatana . Siga por este guia para ativar o menu global.
O menu principal do Intellij IDEA, onde estão o arquivo e outras opções, não aparece na barra preta do Ubuntu na parte superior da tela. Todas as minhas outras aplicações têm menus principais que aparecem lá, então estou curioso para saber por que os produtos da jetbrains são diferentes para mim.
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Isso porque os projetos de GUI Java como Swing ou AWT não suportam o Unity nativamente.
Mas você pode corrigi-lo facilmente usando o projeto java-swing-ayatana . Siga por este guia para ativar o menu global.