Assumindo que o arquivo em questão está em seu $ HOME (apenas mova-o com a GUI de outra forma), abra um terminal (isso deve ser fácil :) então execute este comando:
chmod a+x jarfile.jar
Altere jarfile.jar
para o nome real do arquivo em questão, é claro. Se isso lhe der um erro, o arquivo provavelmente não pertence ao seu usuário, então tente novamente com sudo
:
sudo chmod a+x jarfile.jar