A chave Fn é geralmente manipulada através do BIOS da ACPI, e não diretamente pelo sistema operacional, então é improvável que haja algo que o próprio Ubuntu possa fazer.
Uma possibilidade é que você tenha ativado o NumLock , o que pode fazer com que essas chaves padronizem números em vez de letras. Acertar a tecla (ou combinação de teclas: no meu laptop, o Número de Bloqueio é alternado pela combinação de teclas Fn + ScrLk ) deve definir as coisas de volta ao normal.
Se isso não funcionar, o reinício do sistema provavelmente retornará ao estado padrão.