Ambos estão se fundindo em um conjunto de pacotes pelo som dele ... Então, o que você estiver mais confortável agora seria minha resposta.
Mesmo que esse não seja o caso, mudar os ambientes de desktop não é difícil. Certamente nada que me impediria de usar o que eu considero ser a melhor escolha para os próximos meses.
A partir da postagem no blog do Ubuntu Gnome :
No próximo ano, se você estiver usando o Ubuntu 16.04 LTS ou o Ubuntu GNOME 16.04 LTS, você será solicitado a atualizar para o Ubuntu 18.04 LTS. Para usuários normais, esta atualização deve ocorrer com o lançamento de 17.10.