Você não pode usar o diretório autorun do Ubuntu. Se você quiser usar o Ubuntu e usar o CD, você tem duas opções possíveis (a segunda é a mais fácil):
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WINE e abra o CD no WINE. Problema: você precisa configurar o CD para trabalhar com o WINE. E o aplicativo que você deseja usar pode não funcionar com o WINE. Você pode verificar o WINE AppDB antecipadamente para ver se é possível usar esse programa.
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virtualBox. Isso requer uma cópia do Windows e você precisa instalar o Windows em um VBox. O CD será então executado automaticamente a partir de um Windows normal (desde que você instale um Windows normal).
A outra opção é esquecer o CD do Windows e focar em algo do próprio Ubuntu. Há muitas coisas educacionais em nossos repositórios e eu duvido que realmente tenha importância para os 5 anos de idade, desde que seja divertido e colorido; -)