Menu global
Este é o comportamento esperado em uma instalação padrão do Ubuntu / Unity, na qual todos os menus de aplicativos são integrados como um menu global no painel superior:
é possível desativar este recurso , mas eu não recomendaria que você o fizesse no momento. Você provavelmente se acostumará com esse comportamento em breve e terá prazer em ter todos os menus do aplicativo sempre no mesmo lugar e, muitas vezes, fora da janela principal do seu aplicativo.
Por que não para Root?
É o superusuário Root que executa aplicativos quando você os chama com sudo
ou gksu
. Como o Root não roda sua área de trabalho (na verdade, o Root não tem um desktop) o menu do aplicativo não pode ser integrado ao painel superior e é mostrado como de costume.
No entanto, não é recomendado executar aplicativos gráficos como root, pois você terá energia suficiente para acidentalmente danificar seu sistema operacional, que seria muito estável.