Você simplesmente precisa instalar o pacote nautilus-compare para ter um menu de contexto similar.
Eu estou bastante acostumado a winmerg quando estou trabalhando no Windows, e ele tem um ótimo recurso.
Ele adiciona uma opção ao menu de contexto do explorador que diz "compare a ..." na primeira vez que você o usa e, em seguida, diz "compare" e "altere a primeira pasta".
Quando você clica em comparar, ele inicia o winmerge com as duas pastas comparadas.
Existe alguma maneira de conseguir o mesmo no nautilus para meld?
No momento, estou executando a linha de comando passando os diretórios como parâmetros
Você simplesmente precisa instalar o pacote nautilus-compare para ter um menu de contexto similar.