Que ferramentas de Bioinformática e Biologia Computacional estão disponíveis?

Question

Hoje, fui solicitado a procurar por versões científicas do Ubuntu. Na verdade, eles estão procurando ferramentas para realizar análises de sequência de DNA, verificação de proteínas, estimativas e muitas tarefas relacionadas à biologia.

Primeiro:

1. Existe uma versão científica e bio-orientada do Ubuntu

2. Existem ferramentas para fazer análises científicas, como os pontos mencionados acima.

Answer 1

Eu fiz algumas pesquisas em várias ferramentas de sistemas operacionais e pesquisa baseados em Debian, RHEL e máquina virtual para biologia computacional e bioinformática. Alguns notáveis são resumidos abaixo:

Debian Med : um sistema operacional Debian que é particularmente adequado para os requisitos de prática médica e biomédica pesquisa.

DNALinux : é uma máquina virtual com software de bioinformática pré-instalado.

Bioknoppix : é uma distribuição customizada do Live CD do Knoppix Linux. Ele vem com aplicativos voltados para o biólogo molecular. Além de usar alguma RAM, o Bioknoppix não toca no computador host (porque é um Live-CD) e é ideal para demonstrações, estudantes de biologia molecular, workshops, etc.

Vigyaan : ("Vigyaan" significa "Ciência" em hindi. Mas este não é um Linux muito científico também). Vigyaan é uma bancada eletrônica para bioinformática, biologia computacional e química computacional. Ele foi projetado para atender às necessidades de iniciantes e especialistas. VigyaanCD é um live CD do Linux contendo todo o software necessário para inicializar o computador com o software de modelagem pronto para uso. O VigyaanCD v1.0 é baseado no KNOPPIX v3.7.

VLinux : é uma distribuição Linux e um aplicativo para estudantes e pesquisadores em Bioinformática. É baseado no OpenSUSE e é construído usando o Suse Studio da Novell.

BioSLAX : é um novo conjunto de CD / DVD ao vivo de ferramentas de bioinformática que foi lançado pela equipe de recursos do Centro de BioInformatics ( BIC), Universidade Nacional de Singapura (NUS). Inicializável a partir de qualquer PC, este CD / DVD executa o sabor SLACKWARE compactado do sistema operacional LINUX, também conhecido como SLAX.

O Bio-Linux 6.0 : é uma estação de trabalho de bioinformática completa, poderosa, configurável e fácil de manter . O Bio-Linux oferece mais de 500 programas de bioinformática em uma base Ubuntu Linux 10.04. Existe um menu gráfico para programas de bioinformática, bem como acesso fácil ao sistema de documentação bioinformática do Bio-Linux e exemplos de dados úteis para testar programas. Você também pode instalar pacotes do Bio-Linux para lidar com novos tipos de dados de sequência de geração.

Minha opinião como bioinformática é baixar e executar qualquer sabor do Linux que lhe agrade. Quase todos são gratuitos para download e uso. No meu trabalho de pesquisa, eu uso Ubuntu e CentOS. Eu vou compartilhar minha experiência.

CentOS : Se você instalar todas as bibliotecas durante a instalação, não encontrará muitos problemas posteriormente. Eu usei o pacote Molecular Dynamics AMBER e Desmond sobre ele. Funciona geralmente sem causar muitos problemas.

Ubuntu: Como ele não vem com muitas bibliotecas pré-instaladas, você deve saber onde encontrar informações sobre como executar um software em isto. No entanto, como o Ubuntu é muito popular entre os pesquisadores , não acho motivo para você não tentar isto. Se você encontrar alguma dificuldade na instalação ou na execução de um software, poderá postar perguntas em listas de discussão específicas relacionadas a esse software em particular. Nos programas do Ubuntu software center como Pymol , AutoDock , Unipro UGENE etc. estão disponíveis. O Gromacs estava disponível anteriormente (eu não o encontrei em 12.04).

Eu sugiro strongmente que você faça um esforço e instale todos os seus softwares úteis no Ubuntu e, em seguida, use Remastersys para fazer cópias do seu sistema operacional para colocá-lo em tantos desktops e estações de trabalho que você desejar.

Pessoalmente, vejo um escopo imenso em ter um SO Linux especializado voltado para o público de pesquisa em biologia e química.

Espero que ajude.

    

Answer 2

O Bio-Linux é uma estação de trabalho de bioinformática em uma base Ubuntu.

Além disso, há uma série de programas / ferramentas voltados para a biologia para o Ubuntu, enumerados e elaborados em aqui .

    

Answer 3

Não existe, até onde eu sei, uma distribuição especializada para este propósito.

(Existe uma distribuição chamada Scientific Linux , que é baseada em RedHat / Centos, mas é amplamente desenvolvida e tem como alvo o necessidades de física de alta energia (e não tem nenhuma capacidade geral faltando no Ubuntu).

Existe uma categoria de biologia (sob ciência / engenharia) com uma coleção de pacotes, embora o número de aplicativos científicos especializados empacotados com o ubuntu seja relativamente pequeno (e espero que este também seja o caso de outras distribuições que você possa parecer em). Ciência + Engenharia / Biologia lista alguns, mas parece não estar atualizado.

Dito isto, muitas ferramentas científicas, embora não estejam nos repositórios oficiais, fornecem pacotes compatíveis com o Ubuntu (.deb) que você pode baixar (por exemplo, libSBML ), ou binários genéricos do Linux (por exemplo, Copasi ), ou são neutros na plataforma (sendo escritos em java, python, etc.) e portanto, deve rodar muito feliz no Ubuntu (por exemplo, ImageJ ).

Eu uso o Ubuntu para trabalhos de biologia computacional, embora isso envolva predominantemente trabalhar com ferramentas de propósito geral (por exemplo, R, python) em vez de aplicativos especializados.

    

Answer 4

Eu vejo que há vários remixes do Ubuntu Science disponíveis, mas todos parecem ter morrido. Esse parece ser o caminho com muitos remixes do Ubuntu, porque muitas vezes eles não oferecem muito além de apenas instalar automaticamente alguns aplicativos, para que eles não consigam a massa crítica necessária para que os desenvolvedores os mantenham atualizados. .

Minha sugestão seria usar uma sólida distribuição baseada na ciência, como Scientific Linux , que é o que é usado (e desenvolvido por ) por Fermilab, CERN, etc. Esta é uma distro que não vai a lugar nenhum tão cedo, e tem grande apoio da comunidade científica. Infelizmente, ele é baseado no Red Hat, então ele pode não se encaixar perfeitamente às suas necessidades.

Se você precisar usar o Ubuntu, existem vários aplicativos científicos disponíveis nos repositórios, basta iniciar o Ubuntu Software Center e navegar por "Ciência e engenharia" - > Biologia. Não tenho certeza da utilidade desses programas, pois está fora do meu conhecimento. Se eles fossem suficientes, você poderia configurar um script rápido que os instalasse quando você configurasse uma nova máquina.