Eu não acho que haja uma maneira direta de desabilitar e reativar as notificações.
No entanto, você poderia escrever dois scripts que você poderia ter em sua área de trabalho ou em um dock como awn / docky etc. Os scripts removeriam a permissão de execução do executável que é executado para exibir a notificação. Você também precisa eliminar o processo de notificação que está sendo executado.
um script - vamos chamá-lo "disableNotify" poderia ter os comandos
sudo chmod -x /usr/lib/notify-osd/notify-osd
killall notify-osd
o outro script - vamos chamá-lo de "enableNotify" poderia ter os comandos
sudo chmod +x /usr/lib/notify-osd/notify-osd
Crie cada script como um arquivo de texto no Editor de texto
Conceda ao script direitos de execução, por exemplo
chmod +x enableNotify
chmod +x disableNotify
Os scripts, obviamente, solicitarão a sua senha, já que ela usa o "sudo". Existem maneiras de evitar isso, mas talvez valha outra pergunta.