Embora minha pergunta tenha sido respondida por Ahmadgeo, descobri que isso não resolve meu problema. Este é o meu erro por não entender o que eu precisava fazer.
O eCrypt e quaisquer outras ferramentas que criptografem arquivos, diretórios ou unidades precisam ser ligados e desligados. Como, no meu caso, os arquivos precisam ser acessados 24/7, então a unidade precisa ser montada em um estado não criptografado 24/7. Além disso, se o servidor tiver um power blip e reinicializar, os arquivos precisam estar disponíveis quando ele voltar, por isso precisamos salvar a senha em algum lugar para automatizar esse processo. O resultado final é que os arquivos estão acessíveis em um formato não criptografado sempre que a máquina estiver em execução, de modo que não haja proteção contra hackers ou roubo da máquina.
Agora entendo que preciso criar em meu software um método de criptografar os arquivos e salvá-los no disco assim que eles são carregados (e descriptografar no download). Desta forma, os dados confidenciais só podem ser acessados pelo usuário com uma senha válida. Embora a senha seja usada como uma chave de criptografia, apenas um MD5 da senha é armazenado na máquina.
Embora o dobey faça alguns bons pontos sobre o uso do HTTPS, esta máquina está no meu escritório e não está em um endereço IP fixo. Sim, posso fornecer um certificado "auto-assinado", mas no momento estou um pouco preocupado com o efeito que um grande sinal de alerta sobre o certificado não ser confiável terá sobre os trabalhadores beneficentes que ainda pensam que a tosse que tiveram na semana passada foi causada por um vírus de computador.