Execute gedit ~/.gconf/apps/compiz-1/plugins/obs/screen0/options/%gconf.xml
e você verá algo assim:
<?xml version="1.0"?>
<gconf>
<entry name="opacity_values" mtime="1332424921" type="list" ltype="int">
<li type="int" value="0"/>
<li type="int" value="0"/>
</entry>
<entry name="opacity_matches" mtime="1332424762" type="list" ltype="string">
<li type="string">
<stringvalue>class=Ccsm</stringvalue>
</li>
</entry>
</gconf>
Observe o primeiro <li>
em <entry name="opacity_values" ..>
para que ele leia <li type="int" value="100"/>
. Salvar, sair e voltar e deve ser corrigido.
Ou você pode desativar o plug-in de opacidade com um comando (longo):
gconftool-2 --set --type=list --list-type=string /apps/compiz-1/general/screen0/options/active_plugins "$(gconftool-2 --get /apps/compiz-1/general/screen0/options/active_plugins | sed 's/obs,?//')"
Isso exigirá que você efetue logout e novamente ainda.
Edit (isto não funcionará para janelas de opacidade fixa): A ligação padrão para aumentar a opacidade é Alt - MousewheelUp para que você possa adivinhar onde a janela está e tente isso.