Você pode compilar seu kernel em qualquer diretório que desejar. /usr/src
é "old school"
A maioria das pessoas recomenda que você compile seu kernel como usuário e instale como root.
make menuconfig
make -j5
sudo cp your_kernel /boot
sudo make modules_install
Veja também
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Você também pode usar os kernels principais
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.deb estão disponíveis aqui link