Você pode corrigir isso seguindo estas etapas:
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Abra o terminal Ctrl + Alt + T e execute este comando:
gksudo gedit /usr/share/applications/synaptic.desktop
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Com o arquivo aberto, altere a localização desta linha:
Exec=synaptic-pkexec
E altere para:
Exec=gksudo synaptic
- Salve o arquivo e feche o editor de texto.