Normalmente, essas pastas contêm configurações específicas do usuário do programa. Ou seja aquelas configurações que são definidas usuário por usuário. Por exemplo, no Skype, essa seria sua conta pessoal, notificação, configurações de áudio / vídeo etc. Infelizmente, é comum que algumas das configurações fiquem confusas e é muito difícil descobrir exatamente o que está errado. Nesse caso, pode ser aconselhável excluir apenas a pasta inteira para trazê-la de volta ao estado inicial.
Existem também outras pastas típicas contendo as configurações do programa P, como ~ / .P, ~ / .config / P, ~ / .gnome2 / P, ~ / .gconf / apps / P etc. Tudo depende onde um programa particular armazena suas configurações. Quando você remove uma pasta correspondente, todas as configurações do programa desaparecem.
Agora, acredito, isso também responde à pergunta: por que os programas não fazem isso sozinhos?