Provavelmente, é uma senha errada para o root, pois não há senha de root.
Por padrão, as tarefas administrativas são executadas com o comando "sudo" (na interface da linha de comando ou em segundo plano) e isso significa que elas são executadas com "privilégios de nível raiz", mas ainda pelo usuário normal com senha normal. Por padrão, a conta root não é ativada e, se possível, não se deve ativá-la.
Assim, a senha do root não deve ser a mesma que você digitou para o Centro de Software ou quando você executa comandos com o sudo na linha de comando. Ou seja, com a senha do usuário comum. Se esse usuário tiver direitos administrativos, sua senha será solicitada quando ele quiser fazer qualquer coisa com direitos administrativos. Conta raiz é uma conta separada que tem sua própria senha separada. Como não é ativado por padrão, por padrão não existe senha root.
Sem ativar a conta root, você pode acessar a linha de comando root digitando "sudo su". Mas se você for perguntado literalmente por senha de root, é impossível dar a resposta correta (se você não ativou a conta root e a senha atribuída a ela).
Tente remover os programas que solicitam a senha do root e os reinstale como o usuário comum com o sudo. Lembre-se de "sudo" significa usuário regular com direitos administrativos e "root" significa o "superusuário" que é um usuário separado. Normalmente, quando o usuário é solicitado a digitar a senha do root, o problema é que algo foi instalado "como root" (não é o mesmo "sudo") e depois esses arquivos estão sendo executados ou abertos pelo usuário comum. Isso faz com que seja um problema de permissões de arquivo .
Para um exemplo leia isto . É um bom exemplo de como o root e o sudo podem se misturar se você não sabe o que é o quê.
Leia mais sobre sudo e root no Ubuntu aqui.