Observe que nem todas as ferramentas de disco do Linux funcionam com discos particionados por GPT. Você precisaria usar gdisk
em vez de fdisk
por exemplo. O gráfico Gparted e a linha de comando parted
não devem ter problemas com isso.
Então, realmente, não há resposta definitiva para isso. No entanto, todas as motherboards UEFI devem estar isentas deste problema.
Se você for dual-boot, você precisa ter certeza de que o seu novo sistema operacional Windows tem suporte para tabelas de partição GPT (veja EDIT 1). O Windows só instalará em um GPT se a) o sistema operacional suportar a inicialização a partir do GPT (veja a tabela abaixo), e b) você estiver usando um firmware UEFI, portanto, dual-boot usando um disco GPT puro não suportado - é claro que você sempre faça um MBR híbrido.
EDIT 1: Os recursos GPT das versões do Windows são meio misturados.
Windows 95/98/2000/NT 4: Lol! Not a chance.
Windows XP 32-bit: No support
Windows XP 64-bit: Data disks only (no boot capability)
Windows Server 2003 SP1+: Data disks, booting only on 64-bit IA-32/Itanium systems.
Windows Vista/7/Server 2008: Data disks, booting only available on UEFI-based systems
Fonte: MSDN