Eu não sei o que é o fogger ou o fogapp, mas há algumas coisas que você deve ou não fazer:
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Os scripts em um pacote debian não devem fazer nada para arquivos específicos do usuário. Se o usuário decide simplesmente desinstalar e reinstalar, para tentar resolver algum problema, essa "solução" resultaria em todos os fogapps que eles tinham, não sendo mais acessíveis.
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Você pode adicionar TryExec aos arquivos da área de trabalho, que o sistema verificará e ocultará a exibição do iniciador, se o aplicativo não estiver instalado.
Como esses "fogapps" são iniciados exatamente? Se você me disser, posso atualizar a resposta para fornecer um exemplo.