É difícil definir precisamente quais são as dependências. Se houver três pacotes para o Thunderbird em uma máquina, pode haver um número diferente de dependências para instalar em uma máquina diferente, a menos que você esteja pensando em adicionar todos os milhares de pacotes possíveis.
A coisa é que cada pacote tem muitas dependências. Alguns já estão instalados e outros não. Assim, o gerenciador de pacotes determina quais já não estão instalados e os instala - e esses são os únicos que incomoda mencionar a você, mesmo que existam muitos mais. Naturalmente, a lista varia de máquina para máquina, dependendo do outro software instalado.
Você pode reduzir o possível número de dependências a serem instaladas separadamente agrupando algumas coisas (ao custo de espaço desperdiçado em máquinas que já possuem alguns dos softwares incluídos), mas você não pode eliminá-las.
Outra questão é que, às vezes, um único pacote de código-fonte é dividido em vários pacotes binários. Mais uma vez, isso é para maior eficiência. Talvez você não queira instalar todo o programa. Ou pode haver algumas partes que são independentes da plataforma e não precisam ser construídas separadamente para diferentes tipos de máquinas.