No meu Ubuntu 14.04 com o dock unitário padrão, o aplicativo Skype é um grande ícone azul na lista. Clicar com o botão direito dá-me um menu popup com três janelas principais listadas, uma com o nome do chat atual, uma para Transferências de Arquivos e outra para "- Skype". Clique nesse último parece ativar a janela de contatos principais.
Se estiver fora da tela, talvez seja necessário pressionar alt + space para abrir o menu de sistema da janela, depois pressionar 'm' para selecionar Mover, depois mover o mouse para a borda da tela (para ativar 'cola' para o comportamento da borda da tela) para forçar a janela a se reposicionar na tela. Alterno entre vários monitores quando me movo entre dois locais de trabalho e minhas janelas frequentemente ficam presas fora da tela.