Você diz que também obtém essas linhas, por isso suponho que você obtenha a saída desejada, junto com essas mensagens stderr. Você poderia apenas redirecionar as partes stderr para /dev/null
assim:
ssh user@server-name "df -hP | egrep '(/home|/cors)' 2>/dev/null"
ou
ssh user@server-name "df -hP 2>/dev/null | egrep '(/home|/cors)'"
Dependendo do que está causando o erro.