Eu recomendo usar um sistema de gerenciamento de código fonte (SCM) como git . Usando gitk ou git gui , também há interface gráfica disponível ( mais sobre GUIs para o git . Além disso, a maioria dos IDE (ambientes de desenvolvimento integrados) suportam o acesso a git repositórios.
Usando git (ou outro sistema de gerenciamento de código-fonte como svn ), você não precisa criar várias versões do seu código; tudo é gerenciado pelo scm. Você pode alterar facilmente entre diferentes versões de seus arquivos.